Długotrwałe kontrole a ochrona podatnika. Co zmienia nowelizacja Ordynacji podatkowej 2025?

Od 2025 roku obowiązuje ważna zmiana w Ordynacji podatkowej, która wprowadza mechanizm chroniący podatników przed skutkami przewlekłych kontroli podatkowych i kontroli celno-skarbowych. To jedna z tych zmian, które w praktyce mogą „uratować” przedsiębiorcę przed narastającymi odsetkami i skutkami finansowymi opóźnień, za które często nie ponosi żadnej winy.

Kontrole skarbowe potrafią ciągnąć się miesiącami — a niekiedy latami. I choć formalnie są to czynności „doraźne”, wielu przedsiębiorców wie, że w praktyce potrafią sparaliżować działalność, zamrozić dokumenty, a przede wszystkim generować narastające odsetki za zaległości, które organ dopiero po czasie ustali.

Nowelizacja z 2025 r. wprowadza w tym zakresie istotną korektę.


Co się zmieniło? Kluczowa zasada: po 6 miesiącach odsetki przestają biec

Zgodnie z nowymi przepisami:

Jeżeli kontrola podatkowa lub kontrola celno-skarbowna trwa dłużej niż 6 miesięcy, podatnik nie płaci odsetek za zwłokę od dnia następnego po przekroczeniu tego terminu – aż do zakończenia kontroli.

Czyli:

  • kontrola trwa 7 miesięcy → odsetki za 1 miesiąc „znikają”,
  • kontrola trwa rok → odsetki za 6 miesięcy „znikają”,
  • kontrola trwa dwa lata → odsetki za 1,5 roku „znikają”.

To mechanizm absolutnie fundamentalny, ponieważ dotychczas długość kontroli była… w pełni w rękach organu. Podatnik płacił odsetki nawet wtedy, gdy to organ przeciągał czynności lub zwyczajnie nie radził sobie organizacyjnie.

Nowelizacja odwraca tę logikę — jeżeli to państwo działa wolno, podatnik nie będzie za to karany.


Po co wprowadzono tę zmianę?

Ministerstwo Finansów oficjalnie wskazuje, że chodzi o:

  • zwiększenie efektywności organów,
  • eliminację nieuzasadnionych opóźnień,
  • odciążenie przedsiębiorców od skutków przewlekłości,
  • przyspieszenie końcowych decyzji podatkowych.

Nieoficjalnie — jest to odpowiedź na wieloletnie skargi przedsiębiorców i doradców podatkowych, którzy wskazywali, że organy potrafią prowadzić kontrolę przez rok lub dłużej jedynie po to, by „szukać problemu”.


Co oznacza to w praktyce dla podatnika?

1. Mniejsze odsetki = niższe zobowiązanie podatkowe

W wielu sprawach odsetki potrafiły przekraczać sam podatek.
Jeżeli organ zwlekał z zakończeniem kontroli, podatnik i tak płacił.

Teraz — powyżej 6 miesięcy — odsetki przestają narastać.
Różnica w realnym obciążeniu może być ogromna.


2. Koniec „przetrzymywania” kontroli

Nie będzie już opłacało się organowi:

  • przeciągać kontroli,
  • wstrzymywać czynności,
  • mnożyć wezwań,
  • „czekać”, aż coś wypłynie.

Im dłużej trwa kontrola, tym mniejszą korzyść fiskalną ma państwo.


3. Większa przewidywalność dla przedsiębiorcy

Każdy przedsiębiorca wie, jak stresujące są kontrole przeciągające się w nieskończoność.
Nowy limit 6 miesięcy tworzy wyraźny horyzont czasowy:

  • po upływie pół roku organ nie ma bodźca finansowego, aby „zwlekać”,
  • podatnik może kalkulować ryzyko i planować przepływy finansowe.

Nowe zasady przy tzw. okazaniu – większa przejrzystość procedury

Nowelizacja dotyczy także innej istotnej kwestii: tzw. okazania.

Jeżeli organ dokonuje „okazania” (np. dokumentów, towarów, oznaczeń, a nawet osób), a czynność nie została utrwalona w formie audio-wideo, to musi:

  • sporządzić dokumentację fotograficzną osób okazywanych,
  • wskazać sposób identyfikacji,
  • odnieść się do wyglądu, cech szczególnych, elementów rozpoznawczych.

To ważne zabezpieczenie dowodowe, ograniczające ryzyko błędów identyfikacyjnych i nadużyć proceduralnych.


Czy organy mogą „ominąć” nową regulację?

Pojawia się oczywiście pytanie:
Czy organy będą próbowały sztucznie dzielić kontrole, aby uniknąć limitu 6 miesięcy?

Ustawodawca przewidział to i wskazał:

  • liczy się realna ciągłość czynności,
  • nie można wszczynać „nowej” kontroli w celu uniknięcia skutków poprzedniej,
  • każda próba obejścia będzie oceniana pod kątem nadużycia prawa.

W praktyce i tak zachowania organów zweryfikuje orzecznictwo — ale kierunek zmian jest jednoznaczny.


Kto najbardziej skorzysta?

  • małe i średnie przedsiębiorstwa, które najczęściej dotykają długie kontrole,
  • osoby fizyczne prowadzące jednoosobową działalność,
  • podatnicy VAT, gdzie kontrole bywają najdłuższe,
  • podmioty handlowe i usługowe, często weryfikowane przy transakcjach łańcuchowych.

Najmniej odczują to podmioty, które są kontrolowane rzadko lub krótkoterminowo.


Czy zmiana rzeczywiście poprawi sytuację podatników?

Odpowiedź zależy w dużej mierze od praktyki:

Czy organy będą kończyć kontrole szybciej, czy tylko „zamrożą” dokumentację i przedłużą postępowanie podatkowe zamiast kontroli?

To pytanie, na które odpowiedzą dopiero pierwsze miesiące funkcjonowania przepisów i orzecznictwo sądów administracyjnych.


Podsumowanie

  • Po 6 miesiącach trwania kontroli podatnik nie płaci odsetek aż do jej zakończenia.
  • To realna ochrona przed przewlekłością po stronie organów.
  • Zmiana zwiększa presję na zakończenie kontroli w rozsądnym terminie.
  • Nowe zasady „okazania” poprawiają rzetelność dowodową w postępowaniach.
  • W praktyce ulga będzie najbardziej zauważalna u przedsiębiorców, którzy są często i długo kontrolowani.
  • Praktyka pokaże, czy organy będą próbowały obchodzić przepisy, czy faktycznie przyspieszą procedury.